Die heutige Sichelform von Santorini entstand, als vor etwa 3500 Jahren ein Vulkanausbruch den mittleren Teil der Insel ins Meer riß. Zurück blieb eine tiefe Bucht; der Krater des Vulkans. In der Mitte der Bucht entstanden durch spätere Eruptionen zwei schwarze Inseln. Ausflüge auf die unbewohnten Inseln sind möglich.

Die Hauptstadt Fira liegt gestaffelt am Rand des Kraters. Auch hier legen, wie in Mykonos, die Kreuzfahrtschiffe an. Von einem kleinen Landungssteg führen 587 Stufen zur Stadt, die man entweder zu Fuß oder auf dem Rücken eines Esels zurücklegen kann. Außerdem ist eine Seilbahn in Betrieb. Die Fähren stoppen an einer anderen Stelle, von der aus Busse ins Innere der Insel führen.

Durch den Vulkanausbruch wurde eine bronzezeitliche Stadt unter einer meterdicken Ascheschicht begraben. Heute gehören die Ausgrabungen von Akrotiri zu den aufregendsten archäologischen Schatzkammern der Welt, da die dicke Bimssteinschicht große Teile der Stadt unversehrt erhalten hat.

Die drei Hauptstrände von Santorini sind Kamari, Perissa und Monolithos. Sie bestehen aus schwarzen Sand. Interessant ist der "rote" Strand in der Nähe der Ausgrabungen von Akrotiri.